2006 yılına kadar mali hizmetler ile ilgili bütçe ve muhasebe işlemleri 09.06.1927 tarihli 1050 sayılı Muhasebe-i Umumiye Kanunu çerçevesinde Maliye Bakanlığına bağlı olarak hizmet veren Bütçe Dairesi Başkanlığı tarafından yürütülmekteydi. 10.12.2003 tarihli Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu Resmi Gazete’de yayınlanmış, ancak yürürlüğe konulamamıştır. 24.12.2005 tarihli Resmi Gazete’de yayınlanan 5436 sayılı Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapan Kanun ile 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu 01.01.2006 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiştir. 5436 sayılı Kanun’un 15’nci maddesi ile Maliye Bakanlığına bağlı olarak hizmet veren Bütçe Dairesi Başkanlığı 31.12.2005 tarihi itibariyle kapatılarak Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı kurulmuştur.
01.01.2006 tarihinde faaliyete geçen Başkanlığımız 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu’nun 60’ıncı maddesinde sayılan Mali Hizmetler Fonksiyonu ile 5436 sayılı kanunun 15’inci maddesinde sayılan Stratejik Yönetim ve Planlama Fonksiyonu, Performans ve Kalite Ölçütleri Geliştirme Fonksiyonu, Yönetim Bilgi Sistemi Fonksiyonu hizmetlerinin yürütülmesi için Strateji Geliştirme Birimlerinin Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik çerçevesinde görev yapmaktadır.